Santé Publique France

Chargé(e) d’analyse et d’expertise / Data Engineer...

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Présentation de l'agenceAfficherMasquer

Santé publique France est l’agence nationale de santé publique française. Etablissement public de l’Etat sous tutelle du ministre chargé de la santé créé par l’ordonnance 2016-246 du 15 avril 2016, elle intervient au service de la santé des populations. Agence scientifique et d’expertise du champ sanitaire, elle a pour missions :

  • L'observation épidémiologique et la surveillance de l'état de santé des populations ;
  • La veille sur les risques sanitaires menaçant les populations ;
  • La promotion de la santé et la réduction des risques pour la santé ;
  • Le développement de la prévention et de l'éducation pour la santé ;
  • La préparation et la réponse aux menaces, alertes et crises sanitaires ;
  • Le lancement de l'alerte sanitaire.

L’agence est organisée autour de directions scientifiques et transversales et de directions assurant le support et le soutien à l’activité.
Son programme de travail, arrêté par son Conseil d’administration, s’articule autour de cinq axes prioritaires : les déterminants de santé, les populations, les pathologies, les interventions et les territoires, et les infrastructures.

AffectationAfficherMasquer

Direction Appui, Traitements et Analyses des données (DATA)
Unité Applications, BIg data et Surveillance Syndromique (ABISS)

Description du posteAfficherMasquer

Missions de l'unité

Les missions de l’unité « ABISS » s’organisent autour de plusieurs pôles d’activités :

  • le soutien aux directions métiers pour l’accès, l’exploitation et l’analyse des bases de données transverses issues de systèmes de surveillance spécifiques (pour des maladies à notification obligatoire ou non), de la surveillance syndromique, de bases médico-administratives, de référentiels, etc. ;
  • le soutien aux directions métiers pour le développement métier d’applications informatiques : outils de recueil, d’analyse et/ou de restitution de données ;
  • le pilotage du programme de surveillance syndromique (système de surveillance SurSaUD®) ;
  • la mise à disposition des données de l’agence.

L’unité assure une veille méthodologique et technique permettant un soutien de qualité à l’agence ainsi que des permanences hebdomadaires pour assurer la continuité d’activité.

Missions Covid-19

Afin de suivre l’évolution de l’épidémie de COVID-19, de nouveaux indicateurs de surveillance ont été mis en place au sein de l’agence. En particulier, les résultats des tests biologiques d’infection au COVID-19, colligés dans la base SI-DEP, permettent de suivre, quasiment en temps réel, la dynamique des nouvelles infections en France. C’est une des principales sources d’information de la surveillance de l’épidémie de COVID-19 en France.

La base SI-DEP s’enrichit chaque semaine de près d’un million d’enregistrements (PCR et sérologies) transmis par les laboratoires de métropole et d’outre-mer.

Plus récemment une base de données a été mise en place pour suivre l’évolution de la vaccination sur le territoire français. Cette base, en construction, permet de suivre très précisément l’évolution de la vaccination parmi les différentes catégories de population ciblées pour cette campagne à très grande échelle.

La personne recrutée aura pour missions principales de contribuer à la gestion de ces bases de données, à l’optimisation du traitement des données, à la construction et à la restitution d’indicateurs épidémiologiques. En parallèle, la personne recrutée pourra être amenée à intervenir en soutien à l’exploitation d’autres bases de données gérées par la DATA.

Activités

Sous l’autorité du responsable d’unité et en lien étroit avec les équipes projet SI-DEP et VAC-SI et la Direction des systèmes d’information, les activités du chargé d’analyse et d’expertise seront notamment :

  • Assurer la gestion, le traitement et la restitution des données de SI-DEP et de vaccination :
    • Accompagner le système de gestion des données et des pipelines
    • Organiser et préparer les données
    • Explorer et proposer les moyens technologiques pour améliorer la qualité et la fiabilité des données
    • Identifier les possibilités d'acquisition et d’intégration de nouvelles données
    • Construire les indicateurs de surveillance (définition, implémentation, interprétation) en R, Python, Jupyter Notebook
    • Réaliser des analyses statistiques
    • Développer des outils pour la restitution des indicateurs : mise à disposition internes et externes (exports, API), outils de visualisation (applications R-Shiny – Dash - Bokeh) et de reporting (RMarkdown)
    • Rédiger des notes méthodologiques pour décrire les traitements réalisés
  • Intervenir en soutien sur la gestion, le traitement, l’analyse et la restitution d’autres bases de données gérées par la DATA, notamment pour la surveillance de l’épidémie de COVID-19
  • Contribuer à la réflexion sur la modernisation des outils de data science pour la préparation, l’exploration, le stockage et la restitution des données
  • Contribuer à la valorisation des résultats en lien avec les épidémiologistes et les statisticiens :
    • Communiquer des résultats
    • Rédiger des bulletins, rapports d’études et d’articles scientifiques.


La personne recrutée participera à la continuité d’activité au travers des permanences hebdomadaires et des astreintes de week-end sur le périmètre de ses activités dans le cadre de l’épidémie de COVID-19.

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