DATENMANAGER*IN/ DATA ENGINEER*

Company:
Location: Hamburg

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Am ScreeningPort , dem Hamburger Standort des Fraunhofer-Institut für Translationale Medizin und Pharmakologie ITMP, betreiben wir Discovery Research mit den Schwerpunkten Drug Discovery und Substance Repurposing - der ScreeningPort bietet das komplette Leistungsangebot der Wirkstoffforschung, das alle Stufen von der Target-Validierung über das Screening kleiner Moleküle bis hin zur Auswahl von Wirkstoffkandidaten abdeckt. Der zweite wichtige Aspekt unserer Arbeit sind die biomedizinischen Datenwissenschaften - das Ziel des ScreeningPort ist es, Lösungen für den FAIRen Umgang mit Forschungsdaten bereitzustellen. Wir entwerfen die hardware- und softwaretechnische Basis für offene Forschungsplattformen und Testumgebungen für Forschung und Industrie, in denen die Konzepte der digitalisierten Gesundheitsforschung und deren kommerzielle Angebote in der Praxis erprobt werden können.

Ihre Aufgaben:


  • Erstellen und Optimieren von ETL-Prozessen: Aufbereitung, Harmonisierung und Annotation von wissenschaftlichen (Bild-)Daten aus unterschiedlichsten Quellen (intern und extern)
  • Umsetzung der FAIR-Richtlinien und Weiterentwicklung des wissenschaftlichen Forschungsdatenmanagements, sowohl innerhalb der Fraunhofer-Gesellschaft als auch gegenüber unseren Kooperationspartnern
  • Bearbeiten von wissenschaftlichen Fragestellungen in nationalen und internationalen Konsortien (z. B. Projekte der Innovative Medicines Initiative (IMI) oder der nationalen Forschungsdateninfrastruktur (NFDI))
  • Erstellen von Datenmanagementplänen
  • Entwicklung eines nachhaltigen Datenmanagementkonzeptes für unseren Forschungsstandort, mit Fokus auf Langzeitdatenarchivierung
  • Identifikation und Einführung geeigneter Software-Tools zur Vereinfachung unserer Dokumentationsabläufe und Datenanalyseprozesse
  • Entwicklung des Fraunhofer-Angebotes für die digitalisierte Medizin (German Edge Cloud und GAIA-X)

Was Sie mitbringen

  • Bachelor- oder Masterabschluss der Life Sciences, Bioinformatik oder der verwandten Naturwissenschaften
  • Qualifikation im Bereich Chemoinformatik ist von Vorteil, für die Position aber nicht zwingend erforderlich
  • Nachgewiesene Arbeitserfahrung im wissenschaftlichen Datenmanagement / Data Engineering
  • Erfahrung im Erstellen von Datenmanagementplänen und im Umsetzen der FAIR- Richtlinien
  • Routine im Verwenden von (Meta-)Datenstandards und Ontologien
  • Guter Überblick über wissenschaftliche Datenbanken und Datenrepositorien
  • Kreative Ansätze für das Design und die Weiterentwicklung von Datenarchitekturen
  • Kenntnisse in SQL- / NoSQL-Datenbanken
  • Erfahrung im Umgang mit In-vivo-Daten und/oder personenbezogenen Daten im Kontext der pharmazeutischen Wirkstoffforschung
  • Kenntnisse in Python, R, Statistik, KNIME, JSON-LD, APIs: REST, SOAP, Web Scraping, Fiji, OMERO oder Wissensgraphen sind von Vorteil
  • Ausgezeichnete Teamfähigkeit, offene Kommunikation und ein sehr hohes Maß an Selbstorganisation
  • Erfahrung in agilen Arbeitsmethoden (z. B. Scrum) ist ein Plus
  • Die Position erfordert fließendes Englisch in Wort und Schrift, Deutschkenntnisse sind von Vorteil

Was Sie erwarten können

  • Eine Position in einem lebendigen und spannenden beruflichen Umfeld, das durch eine offene Kultur und den Geist der Gemeinschaft gefördert wird
  • Eine vielfältige, internationale Belegschaft mit einem hoch motivierten Arbeitsumfeld, das Kreativität, Innovationen und Teamarbeit fördert
  • Die Möglichkeit, mit einem großen Netzwerk aus Datenwissenschaftler*innen zusammenzuarbeiten

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